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虽然如此，身心还是快濒临崩溃了，其他东林大臣也因为忌惮刘孔昭手中的刀，看他一副拼命的架势，踌躇着不敢轻易上前相帮，生怕刘孔昭发疯之下捅了自己，不然早联合起来围殴他了。
等刘孔昭入了朝班，收起了兵刃，一些东林御史这才敢出班上奏皇帝。
“诚意伯刘孔昭兵刃上殿，大不敬！臣请将其兵刃收缴，下狱问罪！”
“臣附议！”
“臣也附议！”
东林党们反应过来后，一脸的气势汹汹，誓有不拿下刘孔昭就不罢休的架势。
“咳咳。”
金台上，朱由桦突然重重地咳嗽了一声，殿中群臣闻言警醒，很快就安静了下来。朱由桦横眼在殿内一扫，说道：“来啊，将刘孔昭的兵刃缴了，压下去，听候发落，今日早朝到此为止，散了吧！”说完起身离座，甩了甩衣袍，在一片肃静之中，大步往后殿走去。
群臣相顾愕然，皇帝的处断让他们无话可说，却总有一种一拳打空了的感觉，感到非常的憋闷，纷纷将怒火烧向了刘孔昭，对其怒目而视，恨不得一口吃了他。
这时候，几御前侍卫破殿而入，将刘孔昭怀里的小匕首收缴了，并押着他出了乾清宫，名为押送，实为保护。
东林众臣只能看着刘孔昭的背影牙痒痒。
一场史无前例的朝会就此结束了。
张慎言都七十的人了，胡子头发都花白了，原本身子骨还不错，受此一吓，回家后没几天就生了病，同时也给皇帝上了一道奏疏，要乞骸骨。
与张慎言一起乞骸骨的还有，还有高宏图和姜曰广。
朱由桦收到他们的奏疏后，没有批准答应，还特地派遣鸿胪寺官员前往众人的府邸传谕挽留，以表达诚挚的敬意和深切的歉意。
五月二十四日，朱由桦为前几天出的事儿特意召见了高宏图、姜曰广，张慎言因为生病，圣恩特许不必入朝觐见。
等高宏图、姜曰广两人一进大殿，朱由桦就表现得很谦卑，一见面就亲热的叫先生并再次表示深深的歉意，慰问完了，朱由桦深情地表示朝廷和自己对几位阁老的倚重和信赖，然后提出了希望：以后不要轻言辞官，没你们这些肱骨之臣在，朕一个人真不行啊！
看到皇帝服了软，高宏图和姜曰广也不便再玩硬的了。
高弘图首先出来接话：“朝廷用人之事，我等说可，勋臣们就说不可。像这样是非混淆，我等委实难办啊！”
朱由桦马上回复：“朕刚刚登极，在用人上尚无多少经验，一直很倚重诸位阁老，希望对朕不要有所误解才是！”
高弘图一看皇帝还算好说话，于是接着倒苦水，以刘孔昭为首的勋臣对朝廷的用人挑三拣四，希望陛下能理解一下底下臣子们的苦衷。
朱由桦表示，理解理解，谈话在极其和睦的气氛中结束了，皇上很高兴，高宏图和姜曰广也很高兴。
唯有张慎言不高兴，自从上一次受到精神重创后，他就生病了，而且病得越来越厉害，眼看着连床都下不了了，还要去办公，实在是个痛苦。
在张慎言再三请求之下，朱由桦只能勉为其难的批准了他乞骸骨，嘱咐其好好在家修养，等身体养好了，再起复。
就这样，吏部尚书的职位就空了出来，首辅马士英举荐亲信王驿担任，其他东林阁臣不附议，东林阁臣们举荐党人陈子壮担任，马士英不给票拟。
双方僵持不下，吏部又不能没人执掌，最后各退一步，由中立派路振飞代行吏部尚书职权。同样，礼部尚书最后协定下来也由中立派太常寺卿顾锡畴担任。
由路振飞担任吏部侍郎摄尚书事，这个结果朱由桦还是很满意的，也算初步达到目的了，路振飞是个实干派，在选官任官上肯定会保持相对的公正，吏治的好坏很大程度上也取决于吏部尚书的操守与能力。
东林党之所以那么强，张慎言功莫大焉，他利用吏部尚书的职权，往官僚队伍里塞了大量的东林党人，遍布了中央和地方，客观上加速东林党势力的扩散。
随着他的去职，皇帝在决策和用人上少了一个重大阻碍不说，东林党人也断了一个入仕的主要途径，势力的扩张速度势必减缓。等朱由桦完全掌控了吏部后，再对中枢和地方来几次大换血，到时候东林党再想呼风唤雨就难了。
中枢执政班子一番调整下来，东林一下子去了两个职位，一个是首辅，一个是吏部尚书，都是手握大权的重量级权吏，好在吏部还有一个侍郎吕大器，兵部也有一个侍郎陈子壮、户部的钱袋子也在党人干将高宏图手中，几大权力部门尚未完全沦陷，即便这样也可谓损失掺重了。一些政治嗅觉敏锐的东林党人，已经在这一连串事件中嗅出了一丝阴谋。私下里不停地串联商议着如何反击。
……
五月下旬的一个下午，西北御营校场。
朱由桦穿着元青色团龙袍褂，坐在高台上静静的看着底下御营亲兵们训练，身后簇拥着一干亲信文武大臣。
放眼望去，高台下的校场上，刀剑闪亮，枪缨飞舞，杀气腾腾。羽箭射出时震响的弓弦声，盾牌挡击刀枪发出的铿锵声，以及新军们急促的脚步声，粗重的呼吸声和豪壮的呐喊声，所有的声音汇合在一起，震人耳鼓，顿时给人一种于置身战场的感觉。
校场东面一角。
“前进！前进！”
御营总教习刘肇基挺腰执刀站在阵前，大声喊着口令，身旁中军旗牌官迅速将口令化为旗令，三千新军在各级教官的指挥呼喝下，排成十几个方阵，迈着整齐的步伐向前走。
一名府卫出身的教官见前面布满了铁蒺藜，刘教习却怎么还不喊停，再往前走可就要踩上去了，他犹豫了一下，便带着本局人马停了下来。
“停！你叫什么？”
“标下御营丙局总局陈佐恒！”
“军律第一条是什么？”
陈佐恒拍打了一下胸口，昂首答道：“军令至上，不可违抗！”
“那为何擅自带队脱离阵形，就因为前面有铁蒺藜？”刘肇基厉声喝问。
陈佐恒把嘴紧闭，不敢辩解。
“军阵之中，千百人列队而前，一人回头，众兵生疑。你若站在前排，虏骑如滔天巨浪卷来，声势骇人，你一人犹豫回头，掉头躲避——”刘肇基厉声呵斥陈佐恒。
“如果你是队正，将害死一队军卒，如果你是旗总，一旗尽溃，如果你是总司，累及一司……如果你是一镇总兵大将，将祸害三军，一败涂地，浮尸千里！”
说到这里刘肇基暴喝一声：“陈佐恒，其罪如何！”
陈佐恒紧紧攥着手中的腰刀，一颗晶莹的汗珠从他的额角独自滑落，在地上无声地溅开：“当斩！”
“现在是操训，斩首就不必了，但活罪难逃，本将现在就免去你总局之职，丙局局副转正，操训过后，沿校场跑三十圈，若有下次，直接淘汰开革，降为伍卒！”
刘肇基下了惩罚令后，又接着说道：“自古天下强军劲旅，首重军纪，泰山崩于前而不变色，麋鹿兴与左而目不瞬，简而言之，能做到不扰民，冻死不拆屋，饿死不掳掠。追击溃逃之敌，财物散于前而不取；狭路相逢时，浴血死战而不退，号令一出，如臂使指，这就是当年戚家军的风范！也是真正的可以与鞑子野战的铁血强军！”
众人个个昂首挺胸，两眼直视前方，没有人敢发出一点儿声响，整个方阵里顿时鸦雀无声，似乎连空气也凝住了不再流动。
刘肇基满意的点了点头，然后朗声道：“御营亲军，国之卫士，天子爪牙！你们身负帝室之兴亡，兴国之重托，集训期不合格的本将会无情的淘汰，只有合格者，才会予以录用。大浪淘沙，百炼成金，御营亲军里不需要懦夫狗熊。”刘肇基面色沉静的说到这里，猛地爆喝道：“你们愿意做狗熊吗？”
“不愿。”众人大声吼道。
“很好！如今北方流贼、鞑虏肆虐，国势衰微，陛下有志北伐中原，将来会带着你们南征北战，驱逐鞑虏、流贼，收复大明河山。中兴之日尔等必当青史留名，庶几可比美当年开国功勋徐中山、常十万（徐达，爵封中山王；常遇春，当年曾言：给我十万精兵，我可横行天下！自此号外常十万）。
好男儿志存高远，当为国为民立不朽功业，良机当前，尔等扪心自问，难道就甘心一生为一庸碌混沌之人否？”
众人听得心潮澎湃，激动不已，齐声道：“我等誓死追随吾皇陛下，万死不辞！”
站队列，学军令，看旗语，再伺机从中淘汰不合格的兵员，府卫出身的教官和应募者们一起操训，不搞特殊，屡次不合格一样要被淘汰。
总教习刘肇基这些天几乎都在忙乎这些事，每日四更起床，给众人讲授金鼓旗号的识别应用，或由其宣讲天子亲拟的军律，应募军士的军律并不繁琐，只有四条，第一条便是军令至上，不得违抗；第二条：不许****赌博、隐瞒欺诈；第三条不得偷窃、抢劫、私藏财物；第四条：禁打架斗殴，寻衅滋事。