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遣走了冯可宗，朱由桦随即召来了御前总管太监田成，命他从内库中匀出两百四十万两白银，五十万石粮食解入户部，这些钱粮都是前些日子抄家所得的。
等钱粮解入户部后，朱由桦又下旨命户部尚书兼副都御史阮大铖、内阁首辅兵部尚书马士英统计一下诸镇的欠饷，按需分配，将内库拨下来的钱粮全部作为军饷分发到各镇，户部再贴一些粮食，把拖欠的军粮全部补足了发下去。特别是江北四镇，额外再每镇追赐十万两白银，作为守土有责的酬劳。
同时朱由桦又亲自拟了几道手诏，派亲信使者秘密送到诸镇总兵手中，指出有士绅百姓弹劾他们纵容军士，骚扰祸害地方，天子震怒。皇帝不希望再收到类似的弹劾奏疏，诸镇务必要严明军纪，整肃营伍，否则定不宽饶！
赏赐后紧接着就是一番敲打，软硬皆施，效果不错，诸镇军心逐渐稳定，各镇总兵得了朝廷拨下来的粮饷后，搔扰地方的行为也都收敛了一些，皇帝赏罚分明，他们觉得之前得到的消息定是谣言，肯定是自己想多了，所以大都收起了异样的想法。
安抚好了诸镇后，朱由桦紧接着又低调的进行了一些人事调动，迁湖北巡抚何腾蛟为应天巡抚，应天巡抚东林党人张国维升任太常寺卿、升江西总督袁继咸为兵部尚书协理京营戎政、兵部侍郎朱大典继任江西总督，携忠武镇乙营御营兵充督标中军驻守九江，同时升江北督师史可法为武英殿大学士，加礼部尚书入阁。内阁大臣，东阁大学士堵胤锡转任江北督师，驻节扬州，总制江北四镇。
一番人事调动后，东林党的实权派封疆大吏大多被明升暗降，失去地方兵柄，对朝廷再没了威胁。
做好这些准备工作后，时间已经是十一月初五了，朱由桦觉得是时候和那些东林逆党摊牌了！
早在几日前，皇帝送了一些补品慰问病重的前吏部尚书，东林党巨擘张慎言。
十一月初七、史可法、袁继咸、何腾蛟等封建大吏先后入了南京。在他们入京后的第二天，也就是皇帝送了补品后的第七天，张慎言病重不治，咳血而逝。
皇帝大恸，宣布辍朝三日，追赠张慎言开府仪同三司，加太子太保，赐东阁大学士衔，谥“忠正”，以宰相规格礼葬张慎言。并亲写祭文追悼张慎言的功绩。
十一月十五，清晨十分，一大早南京城内大大小小的官员和东林复社的后辈子弟便齐集到了太平门外，众人穿上了统一的素服，为张慎言的灵柩送葬。
就在众人等的快不耐烦的时候，皇帝派遣的特使马士英才急急忙忙的哭奔而至，口中哽咽的道：“藐山先生！”
马士英一路哭一路奔，终于奔到了张慎言的灵柩前，语气突然一变：“藐山先生啊！今上待您不薄，您怎能对不起他，参与谋反啊！”
话音刚落，太平门周围同时响起了在场东林复社中人的惊怒喝骂声和一队队甲胄齐全的刀斧手整齐有序的脚步声。
数千刀斧手步履整齐冲了进来，一下子就将送葬的队伍包围的严严实实，众人大惊失色。
场中送葬的士绅，朝臣们见这阵仗，不少人吓得面容惨白。
高宏图仗着资格老，色厉内荏的质问道：“你们是什么人？谁派来的？想干什么？”
“他们都是天子的御营亲军。”
话音未落，锦衣卫都督冯可宗身着飞鱼服，手执绣春刀，越众而出。
冯可宗大声喝道：“尔等阴谋造反，该当何罪？”
高宏图闻言面色狂变，怒斥道：“无凭无据，你想怎么样？”
“问得好！”冯可宗一挥手，几个锦衣卫从人群中推出了一脸死灰，垂头丧气的钱康。
一些犯案的东林党人惊呼不已，当他们看到血迹斑斑的钱康后，就知道消息泄露了，纷纷撸起袖子，想夺路而逃，可不知什么时候，他们身后已经有全副武装的刀斧手伺候着，把他们摁在地上。
冯可宗指着他们喝骂道：“你们这些东林复社反贼，都是祸国之贼！该杀！”
一个心理承受能力低下的复社子弟闻言立即奔出来，跪倒在地，语无伦次的道：“学，学生是无辜的，还，还请大人饶命！饶命啊！”
冯可宗怒笑道：“是不是无辜的，审了之后就知道了！现在不拿下你们，本督如何向圣上交代，来人，拿了！”
太平门外，锦衣卫斜展着公文，面无表情的高声宣读：“查前户部尚书高宏图，勾结湖广监军道黄澍及其幕僚钱康，欲鼓动左良玉兵变，图谋不轨，证据确凿，旨意所到，即刻伏罪归案，若敢反抗，格杀勿论！”
查绍兴举子黄宗羲，阴谋策划“假太子案”，诋毁圣上，同时勾结钱康，鼓动藩镇兵变，图谋不轨，证据确凿，旨意所到，即刻伏罪归案，若敢反抗，格杀勿论！
查归德举子侯方域……
侯方域瘫软在地，面若死灰。
黄宗羲大声唾骂。
“你们这些无耻狗贼，鹰犬！有种立马把学生给砍了！你们迫害士民，倒行逆施，总有一天老天爷会收了你们的！黄泉路上学生等着你们！”
冯可宗冷笑着不为所动，挥了挥手，道：“全部带走，交部议处，田产抄没，家产充公！”
锦衣卫点到一个人，刀斧手们就将其架起往外奔去，咒骂声嚎叫声响成一片。
剩下的大多瘫软在地上，一脸的绝望！
本来就颇为热闹的南京城，这一日更为“热闹”，城中兵马纷乱，街道上各路兵马持枪跨刀，在御营总兵张堂功和副将马雄等人的带领下如潮水般向城中各个方向的深宅大院涌去。远远看去，几乎每个大宅院门口都有官兵围住。
城西高墙一侧，侯府的家丁手里拿着砍刀棍棒严阵以待，屏息听着墙外的动静。
墙外，马雄手一挥，十几个鸟铳兵朝着大锁开火，没几下锁就被打烂了。
“门开了，随本将冲！”大门被踢开后，马雄抽出腰刀，振臂一呼，率先冲了进去，军士们紧跟其后，涌了进去，高喊着：“奉圣上令旨，抄家，不许动！”
侯府的王管事推了推身边的几名值守的家丁，几名家丁对望了一眼，带着一丝疯狂之色，挥舞着砍刀冲了上来。
马雄身后一排鸟铳兵上前，一齐向着这几名家丁开火。几名家丁瞬间被打成筛子，软到在地上。
前一队放完铳的军士在换火药的时候，王管事还想趁机反抗，另一队早已准备好的鸟铳兵立马将铳口对准了王管事，喝道：“不许动，跪下！”
王管事见反抗无用，终于服了软，跪在地上，大喊道：“不要杀我，我知道老爷的家眷和钱粮藏在哪！”